Radio Guiniguada es un proyecto asambleario, que designa a un equipo directivo (por un periodo de 2 años) para la gestión del proyecto y sus recursos.
En el seno de la Junta Directiva se conforman comisiones (que no tienen que estar compuestas en su totalidad por el equipo directivo) que trabajan en diferentes áreas para el normal desarrollo del proyecto y sus actividades.